洪武三十一年（1398年　戊寅）
閏五月　八日，帝病危。十日，卒于西宮，時年七十一歲。遺詔，太孫允炆宜登大位。十六日，朱允炆即皇帝位。以明年為建文元年。同日與皇后同葬鐘山之陽，名孝陵。上謚號為“太祖欽明啟運俊德成功統天大孝高皇帝，孝慈昭憲至仁文德承天順圣高皇后。（后有改動）尊母妃呂氏為皇太后。
六月　以受顧命之兵部左侍郎齊泰為兵部尚書，太常寺卿，曾伴讀東宮之黃子澄兼翰林院學士，同參軍國大事。
七月　齊泰與黃子澄建議削藩。周王朱以謀反罪名被逮捕。征漢中府教授方孝孺至，擢為翰林院侍講。日侍帝左右備顧問。臨朝奏事，臣僚面議之事，命方就殿中批答之。
八月　廢周王朱為庶人。又命逮齊王朱榑、代王朱桂、岷王朱楩，燕王朱棣則疑懼。
十月　當初隨從燕王來北平的僧道衍密勸燕王起兵。燕王稱病，但暗自練兵。
十一月　帝派工部侍郎張昺為北平布政使、都指揮史，謝貴、張信掌北平都指揮使司，并受密旨，監視燕王。
十二月　燕府長史葛誠，奉燕王命奏事京師。帝召見，問府中事，葛誠以實相報。帝遣還，令其在逮燕王時作內應。王有所察覺。

建文元年（1399年　己卯）
正月　命禮部侍郎董倫、王景等十人修太祖實錄，又命侍講學士方孝孺總其事。
二月　追尊朱標為孝康皇帝，廟號興宗。妣常氏為孝康皇后。尊母妃呂氏為皇太后。冊太孫妃馬氏為皇后，立皇長子文奎為皇太子。封弟允熥為吳王，允為衡王，允熙為徐王。侍講方孝孺，為了復古，建言：升六部尚書為正一品，設左右侍中，位在侍郎上。改都察院為御史府，都御史為御史大夫。罷十二道為左、右兩院，左曰拾遺，右曰補闕。改通政史司為寺，大理寺為司。詹事府增置資德院。翰林院復設承旨。改侍讀、侍講學士為文學博士。設文翰、文史二館，文翰以居侍讀、侍講，文史以居修撰、編修、檢討。殿、閣大學士并去“大”字，各設學士一人。改謹身殿為正心殿，增設正心殿學士一人。其余內外、大小諸司及品級、階勛，均仿《周禮》制更定。帝皆從之。
三月　調兵加強北平周圍，并密諭北平左政使張昺、都指揮使謝貴等嚴為之備。遣刑部尚書暴昭及戶部侍郎夏原吉等二十四人充采訪使，分行天下。昭至北平得燕王諸不法狀，密奏之。
四月　湘王柏自焚死。齊王榑、代王桂皆以罪廢為庶人。
六月　岷王楩以罪廢為庶人。
七月　詔逮燕府官屬。王與護衛張玉、朱能、道衍謀，決定以計取之。伏兵端禮門內，遣人示以朝廷所逮之姓名，張昺、謝貴乃至，伏兵起，擒張昺、謝貴及葛誠，皆斬之。燕王舉兵反，上書指斥齊泰、黃子澄為奸臣。并根據祖訓所言：“朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，為天子討平之。”稱其師曰“靖難。”爆發“靖難之役。” 帝閱長興侯耿炳文所率北伐大軍敗于真定，有憂色，另拜曹國公李景隆為大將軍，召炳文還京師。召遼王朱植、寧王朱權至京師，寧王不至乃削其護衛，遼王至京師，亦徙之荊州。是歲，帝建省躬殿。
 
建文二年（1400年　庚辰）
六月　帝用齊泰、黃子澄計，兵履敗，欲求和，尚寶司丞李得成慷慨請行，諭燕王罷兵。王不聽，得成附于燕。
八月　承天門災。詔求直言。方孝孺改午門曰端門，端門曰應門，承天門曰皋門，前門曰路門。從之。

建文三年（1401年　辛巳）
六月　燕王用道衍計，大軍直取南京。帝諭燕王罷兵，王不聽，帝乃罷齊泰、黃子澄以緩燕兵。
 
建文四年（1402年　壬午）
四月　燕兵戰勝于靈璧。帝召還齊泰、黃子澄，擬割地求和不成。
六月　燕兵渡江。逼京師之金川門。谷王橞、曹國公李景隆開門迎燕兵，都城陷，宮中火起，帝不知所終。齊泰、黃子澄、方孝孺等列入奸臣榜，共八十余人，誅連甚廣。文臣楊榮、楊溥、楊士奇等二十余人皆叩馬首迎附。十七日，燕王朱棣即皇帝位。復周王、齊王榑。命王府六部：建文中所改易之洪武政令各條皆復舊制。仍以洪武紀年，今年稱洪武三十五年。明年改為永樂元年。復諸殿、門舊名。
七月 命翰林待詔解縉為侍讀，編修楊榮、楊溥、楊士奇為修撰等。
九月 大封靖難功臣。封丘福為淇國公朱能為成國公，侯伯數十人。命侍讀胡廣、修撰楊榮、編修楊士奇、檢討金幼孜、胡儼同直文淵閣，預機務，與解縉、黃淮等七人，并朝夕侍左右。
十一月　立王妃徐氏為皇后。