依托研究室，本所以明清兩朝歷史為研究中心，前身為明清宮廷歷史檔案研究所，由原故宮博物院副院長（主持日常工作）朱誠如教授創建并親任所長， 2019年改為今名。目前有院內在職研究人員22位，其中高級職稱17位，還有20位院外特聘研究員。科研方面，承擔國家重大學術文化工程1項，主持多項國家級課題和院級課題。出版了多部論著以及譯著，在文博歷史類核心刊物發表文章百余篇。本所專家兼任編輯《明清論叢》，目前已出版19輯。自成立以來，本所在對外交流、人才培養等方面也取得了重要成績。
名譽所長:朱誠如
所長：于慶祥
副所長：多麗梅
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